Quebrei a cabeça, mas descobri como corrigir isso. Vou detalhar tudo o que eu fiz, porque demorei para achar a solução com as mesmas configurações que usei, então espero ajudar quem também está com esse problema. O que acontecia é o seguinte, configurei o php 5.3 no iis 7 num windows 2008 r2 com fastcgi,  adicionei a extensão *.php no iis para ser lida pelo php-cgi.exe no fastcgi, até aí tudo bem. Criei um phpinfo usando o código

<?
phpinfo();
?>

Carregou sem problemas, mas o “Loaded Configuration File” aparecia como (none), daí fui até o diretório da onde instalei o php e configurei o meu php.ini, reiniciei o iis e quando fui acessar o phpinfo.php a página aparecia em branco, eu abria o código fonte e o código php aparecia no código fonte da página. Então alterei o conteúdo do phpinfo para

<?php
phpinfo();
?>

Pronto, o phpinfo carregou novamente e agora conseguiu ler o arquivo de configuração que eu fiz, apareceu em “Loaded Configuration File” o caminho certo, que no meu caso é “C:\php\php.ini”, porém, algumas outras funções continuavam com o mesmo problema, não carregava corretamente e aparecia o código php no código fonte da página, mesmo abrindo a tag com <?php, então alterei “short_open_tag” no php.ini para On, reiniciei o iis e o código funcionou mesmo sem o <?php na abertura da tag.