Pesquisei e tentei fazer várias coisas que encontrei, mas o que resolveu mesmo, no meu caso, que uso máquinas virtuais clonadas foi o seguinte:

Remover o valor SusClientId na chave de registro

HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\WindowsUpdate\

Reiniciar o serviço do Windows Update no computador cliente.

E executar os comandos abaixo para o servidor WSUS buscar os dados do cliente

wuauclt /resetauthorization /detectnow
wuauclt /reportnow

Como minhas máquinas eram clonadas, todas tinham o mesmo ID em SusClientId, então só uma máquina era listada, fazendo isso um novo ID é atribuído em SusClientId, daí ele é listado no WSUS.

Essa sequência por linha de comando fica:

reg delete HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\WindowsUpdate /v SusClientId /f
net stop wuauserv
net start wuauserv
wuauclt /resetauthorization /detectnow
wuauclt /reportnow

A luz veio no final do seguinte post http://www.petenetlive.com/KB/Article/0000591

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