O PHP no windows tem uma configuração global para todos os sites de um servidor, porém, a partir da versão 5 é possível alterar um valor para somente um site, deixando ele com uma configuração diferente da global, caso a configuração global esteja com o register_globals off, por exemplo, e um site precise da configuração como on, é possível fazer o seguinte
No registro do windows vá em HKLM\SOTFWARE\PHP, crie uma nova chave chamada Per Directory Values. Então abaixo da chave HKLM\SOTFWARE\PHP\Per Directory Values, será onde haverão as configurações modificadas, para que ela funcione é necessário criar as chaves correspondentes ao diretório onde roda o ambiente, por exemplo, se o site está em c:\inetpub\wwwroot, será necessário criar mais 3 chaves, ficando dessa forma HKLM\SOTFWARE\PHP\Per Directory Values\c\inetpub\wwwroot, e dentro dessa chave você irá criar registros do tipo “valor de sequência expensível” com o nome da diretiva do php que você quer alterar, no nosso exempo é a register_globals, então criaremos um “valor de sequência expensível” com o nome de register_globals com o valor On. Era isso
Créditos: http://www.republicavirtual.com.br/blog/
Fonte: http://php.net/manual/en/configuration.changes.php
